Лично моё мнение, удаление мета тега "generator" - совершенно бесполезное занятие. Многие аргументируют это тем, что таким образом они скроют признаки CMS Joomla и этим самым усложнят работу злоумышленнику, пытающемуся взломать ваш сайт... Это миф, существует множество других признаков для определения движка сайта. Не хочу вдаваться в детали всего этого, но если надо - значит надо.
Для того чтобы скрыть мета тег "generator" или заменить его на свой достаточно в индексном файле вашего шаблона, который находится: Ваш сайт/templates/ваш шаблон/index.php, добавить строку:
JFactory::getDocument()->setGenerator('');//если нужно удалить
JFactory::getDocument()->setGenerator('свой мета тег');//если нужно вписать свой
